Študent chcel svojím činom najmä povzbudiť vtedajšiu spoločnosť, ktorá upadala do letargie a bála sa akejkoľvek formy odporu. Po tom, ako Palacha previezli s popáleninami do fakultnej nemocnice v pražskej štvrti Vihohrady, s ním na druhý deň urobili rozhovor, v ktorom sa zmienil o svojom čine ako o dôkaze veľkého hnevu nad vtedajšou spoločenskou ľahostajnosťou voči komunistom.
Na Palachov pohreb na pražských Olšanských cintorínoch prišlo 25. januára 1969 až do 200.000 ľudí a smútočný pochod sa stal masovým protestom proti pokračujúcej okupácii. Sprievod sa začal na mieste upálenia - na Václavskom námestí. Počas tzv. normalizácie spoločnosti sa jej predstavitelia usilovali pamiatku na Palacha potlačiť, avšak na upálenie študenta ľudia nezabudli.
V januári 1989 päť opozičných skupín zorganizovalo Palachov týždeň, ktorý bol pôvodne pripravený ako jeho spomienková akcia. Vyústil však do tvrdého potlačenia vládnym režimom. Sériu občianskych demonštrácií potlačil Zbor národnej bezpečnosti (ZNB) vrátanie pohotovostného pluku a Ľudové milície, a to aj pomocou vodných diel, psov a slzotvorného plynu. Stovky ľudí zbili, mnohých zatkli, iných vyviezli za Prahu do lesov. Išlo o prvé masové vystúpenie proti vládnucemu režimu po 20 rokoch.
Jan Palach vedel, že zomrie, veril, že jeho skutok ľudí prebudí
"Bol tichým žiakom, zaujímal sa o prírodu a históriu, rád si čítal. Smrť otca v roku 1962 ním hlboko otriasla. Videl v ňom svoj veľký vzor a veľmi si ho vážil. Táto udalosť preňho znamenala bolestnú stratu a medzník v živote," popisuje Palachove školské obdobie portál totalita.cz. Takisto aj spolužiaci z gymnázia v Mělníku na Palacha spomínajú ako na spravodlivého človeka, čo sa dokázal zastať slabšieho a ktorý nenávidel krivdu.
Jana Palacha pre vysoký počet uchádzačov neprijali na štúdium histórie, nastúpil teda v roku 1967 na Vysokú školu ekonomickú (VŠE) v Prahe. V lete 1967 sa zúčastnil na pracovnom pobyte v Kazachstane, v roku 1968 bol na brigáde vo vtedajšom Leningrade (Petrohrad), aj vo Francúzsku.
Obdobie Pražskej jari, ktoré prinieslo demokratizačné zmeny vo vtedajšom Československu, prežíval ako vysokoškolák veľmi intenzívne. O to ťažšie niesol sklamanie po tom, ako v noci na 21. augusta 1968 vstúpili na územie Československa vojská krajín Varšavskej zmluvy.
Zúčastnil na mnohých stretnutiach a mítingoch, aj na okupačnom štrajku študentov v dňoch 18.–21. novembra 1968. V ňom vysokoškoláci žiadali opätovné zrušenie cenzúry a zachovanie slobôd vrátane slobody prejavu, zhromažďovania či pohybu. Akcia sa však skončila neúspechom a normalizačný proces nezadržateľne postupoval vpred.
"Niekoľko jeho priateľov a spolužiakov neskôr pri výsluchoch uviedlo, že zlom v jeho správaní nastal práve v tomto období. Z prameňov vyplýva, že Jan Palach dlhší čas premýšľal o radikálnom čine, ktorý by vyburcoval verejnosť k odporu. Zvažoval rôzne formy protestu,"napísal portál janpalach.cz.
Podľa jeho predstavy sa mala iniciatívy chopiť malá odhodlaná skupina ľudí, ktorá podnieti aj ostatných. Rozhodol sa pre formu protestu, ku ktorej ho inšpiroval príklad horiacich vietnamských budhistov.
Ráno 16. januára 1969 napísal štyri identické listy nazvané Pochodeň č. 1, v ktorých vysvetľoval motívy svojho skutku a avizoval, že jeho príklad budú nasledovať ďalší. O 14.30 h sa pri fontáne Národného múzea na pražskom Václavskom námestí polial benzínom a zapálil.
S popáleninami tretieho a štvrtého stupňa ho previezli do nemocnice. Podľa spomienok nemocničnej ošetrovateľky Liany Hanusovej bol po celý čas pri jasnom vedomí a zaujímal sa o reakcie na svoj skutok. "Mal radosť, keď som mu povedala, že v ľuďoch vonku vzbudil ohlas, nosia mu kvety a že o jeho čine hovorili všetky rozhlasové stanice," povedala ošetrovateľka. Podľa jej slov bolo aj Palachovi jasné, že je jeho stav beznádejný. "Už sa netrápil. Chápal, že to neprežije. Nemusela som mu hovoriť milosrdné lži, že sa z toho dostane, aby sa mu uľavilo. Bol inteligentný a vedel, ako na tom je, keď sa bez našej pomoci nemôže ani pohnúť. Mal spálené telo, ale nie mozog," uviedla tiež Liana Hanusová.
Po troch dňoch, 19. januára 1969 o 15.30 h, Jan Palach zomrel. Sochár Olbram Zoubek sa vďaka kamarátovi, lekárovi v nemocnici, dostal k telu mŕtveho študenta a odlial Palachovu posmrtnú masku. Priniesol ju medzi študentov, ktorí držali až do Palachovho pohrebu hladovku. Jeho telo 24. januára 1969 vystavili pod štátnou vlajkou na nádvorí Karolína. Tam sa Janovi Palachovi prišlo pokloniť viac ako 50.000 ľudí. O deň neskôr sa konal pohreb.
"Mnoho ľudí stále hovorí, že jeho smrť bola zbytočná. Sloboda sa vytratila a Rusi z krajiny neodišli. Bolo ale veľmi dôležité, že sa našiel človek, ktorý národu ukázal, že je možné za pravdu a slobodu platiť tým najcennejším, vlastným životom. Sovietska okupácia bola vonkajšia záležitosť, ale ľudia sa po auguste 1968 začali lámať aj vnútorne. Postupne sa hrbili, donášali jeden na druhého a prisluhovali režimu. Jan Palach svojim skutkom rozsvietil svetlo proti ľahostajnosti. Preto je dôležité si jeho hrdinstvo stále pripomínať,"
Dokument posolstvo Jána Palacha